L'organismo inquisitoriale, cui aveva preparato la strada il pontefice Innocenzo III (1198-1216), fu istituito da papa Gregorio IX (1227-1241) il quale tra il 1231 e il 1234 stabilì per l'Europa dei tribunali d'Inquisizione, presieduti da degli inquisitori permanenti, i quali esercitavano i loro poteri entro determinate circoscrizioni. A tale scopo Gregorio IX scelse i Francescani e i Domenicani, i quali dapprima furono designati a tale ufficio dai loro superiori e più tardi dal papa stesso. Questo papa pubblicò una decretale che diventò il fondamento della legislazione inquisitoriale nei tempi posteriori; in questa decretale egli affermava che gli eretici che venivano condannati come tali, dovevano essere abbandonati al braccio secolare per ricevere un castigo esemplare, mentre coloro che facevano ritorno alla chiesa cattolica dovevano essere condannati alla prigione a vita.
Nel 1252 Innocenzo IV (1243-1254) con la bolla Ad Extirpanda confermò l'Inquisizione autorizzando la tortura contro tutti gli "eretici". Nel 1480 su licenza papale venne istituita l'Inquisizione in Spagna, che nel corso dei secoli sterminò migliaia e migliaia di persone (tra cui anche molti Ebrei). Nel 1542 Paolo III (1534-1549) con la bolla Licet ab initio istituì l'Inquisizione romana, che doveva combattere l'eresia in ogni luogo, ponendo su basi amministrative centralizzate la vecchia Inquisizione medioevale.
Bastava un'accusa per fare sì che l'inquisitore citasse le persone compromesse davanti a lui o farle trarre in arresto sia dalle autorità civili che dai propri dipendenti. Erano sufficienti due testimoni per stabilire la colpevolezza dell'imputato (i "maestri" dell'Inquisizione lo chiamavano reo perché per loro egli era già colpevole dal momento che veniva accusato e doveva solo ammettere le sue colpe). Ma le accuse dei testimoni venivano notificate all'accusato solo quando gli era stata estorta la confessione oppure quando l'inquisitore riteneva che ormai l'accusato non avrebbe più confessato, e ciò avveniva senza fargli conoscere i nomi dei testimoni.
Nel caso l'imputato, interrogato dall'inquisitore, non volesse confessare di essere un eretico, il tribunale faceva ricorso contro di lui ad ogni mezzo per estorcergli la confessione; l'imputato veniva posto in celle strettissime senza luce, con i ceppi ai piedi e le catene ai polsi, gli veniva fatto mancare il cibo, non veniva fatto dormire, oppure veniva fatto dormire sulla terra. Oltre a ciò egli subiva ogni sorta di torture fisiche.
Se il condannato dichiarava di rinnegare i suoi errori, il tribunale lo restituiva all'inquisitore, che lo sottoponeva ad un interrogatorio molto serrato nel quale il penitente doveva denunciare i suoi complici e rinnegare una per una le sue eresie; dopodiché egli veniva condannato al carcere a vita. Nel caso invece egli rimanesse impenitente fino alla fine, veniva bruciato o vivo o dopo essere stato ucciso pubblicamente.
Non era raro che gli inquisitori condannassero persino delle persone già morte (un esempio fra tutti: John Wycliffe, un cristiano protestante che diede al popolo inglese una copia manoscritta dell'intera Bibbia nella loro lingua, condannato perché contrario alle imposizioni del papato). Gli inquisitori ne esumavano i cadaveri, quindi li bruciavano e confiscavano i beni agli eredi del condannato.
Quando il tribunale ecclesiastico sentenziava la condanna di un eretico e lo consegnava alle autorità civili, faceva giurare a queste di trattarlo con clemenza e di risparmiare la sua vita, ma si trattava di un giuramento ipocrita, il cui scopo era far sì che l'autorità ecclesiastica non venisse considerata apertamente responsabile dell'esecuzione delle pene capitali. Al tempo stesso, la chiesa cattolica romana obbligava i funzionari pubblici ad eseguirle sotto pena di essere considerati anche loro degli eretici. Con il concilio di Narbona (1244) aveva infatti dichiarato che nel caso una persona rivestita di potere temporale si fosse dimostrata pigra nel sopprimere l'eresia, sarebbe stata dichiarata come complice degli eretici, e quindi andava incontro alle medesime pene di costoro. Essa inoltre reputava il mettere a morte un eretico un atto meritevole, al punto da concedere l'indulgenza plenaria a coloro che portavano la legna per erigere il rogo.
Nel 1908 l'Inquisizione cambiò nome e prese quello di Sant'Uffizio; dal 1965 porta il nome di "Congregazione per la Dottrina della Fede".
La chiesa cattolica del tempo dunque, pur dichiarandosi cristiana, si comportava sfacciatamente in modo contrario alla volontà di Gesù Cristo. I cui comandamenti: "Ama il tuo prossimo" e "Non uccidere" furono calpestati, al pari degli altri insegnamenti biblici: "Chi non ama non ha conosciuto Dio, perché Dio è amore" (1 Gv. 4:8), "Non abbiate altro debito con nessuno, se non di amarvi gli uni gli altri" (Rm. 13:8), ecc. L'odio contro il prossimo, gli omicidi, l'arroganza, tutti peccati che provengono da un cuore non rigenerato (Mc. 7:21), furono le virtù di quei papi che, ritenendosi allora come oggi assolutamente "infallibili in materia di fede", diedero vita alle feroci e ignobili persecuzioni contro i cristiani e i non cristiani.
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